Les Opérateurs rattachés à la Primature sont :
- Le Secrétariat Exécutif du Bureau de Centralisation Géomatique (SE/BCG) ;
- Secrétariat Exécutif Permanent de la Plateforme Multisectorielle de la Sécurité Alimentaire et de Nutrition (SEP/PMSAN) ;
- L’Autorité de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire du Burundi (ARSBU) ;
- L’Institut Nationale de la Statistique du Burundi (INSBU) ;
- L’Agence Nationale d’Assurance Qualité des Médicaments et de la Sécurité Sanitaire Alimentaire « ANAMSSA » en sigle.
Les opérateurs sous tutelle à la Primature sont organisés par décrets.